Náklady na výstavbu a dlouhodobé{0}}provozní náklady kontejnerových domů byly vždy hlavním problémem. Výzkumníci pomocí komplexních výpočtů celkových nákladů na různé izolační materiály za celou dobu jejich životnosti objevili některé zajímavé jevy: zatímco ve vysokých-nadmořských výškách jsou potřeba silnější izolační vrstvy, nemusí to nutně znamenat vyšší nákladovou-efektivitu. Některé špičkové-technické izolační materiály (jako jsou vakuové aerogelové panely) je navzdory jejich vynikajícímu izolačnímu výkonu obtížné široce zavést kvůli jejich vysoké ceně.
Je pozoruhodné, že optimalizace návrhu pomocí vědeckých výpočtových metod může nejen snížit počáteční náklady na výstavbu, ale také výrazně snížit následné výdaje na spotřebu energie. Tento holistický přístup optimalizace činí kontejnerové domy konkurenceschopnější z hlediska efektivnosti nákladů-a poskytuje silnou podporu pro jejich široké přijetí. Tato zjištění poskytují praktické reference pro ekonomický návrh kontejnerových domů-s ohledem na počáteční investici a pečlivý výpočet dlouhodobých-provozních nákladů.
